Die Reformation ist auch an Schonungen nicht spurlos vorüber gegangen.  Obwohl das Patronat beim Stift Haug in Würzburg lag, besetzten die Henneberger als Landesherren über das Amt Mainberg stillschweigend die Pfarrstelle in Schonungen immer wieder mit evangelischen Geistlichen. Ab 1574 setzte allerdings die Re-Katholisierung mit Fürstbischof Julius Echter in der Gegenreformation ein.